این آزمایشگاه در طبقه اول ساختمان شیمی قرار دارد. در این آزمایشگاه، آشنایی عملی دانشجویان رشته زیست‌شناسی با مباحث نظری دروس مرتبط با رشته زیست‌شناسی گیاهی، آشنایی عملی با سلول‌ها، بافت‌ها و اندام‌های گیاهی، رده‌بندی گیاهان، شناخت عملی گیاهان دارویی، بررسی مکانیسم‌های فیزیولوژیکی در گیاهان، نمو و تکوین گیاهی و مطالعه عملی گروه‌های مختلف جلبکها  انجام می‌پذیرد.

در آزمایشگاه علوم گیاهی، دانشجویان زیست شناسی در قالب آزمایشگاههای آموزشی آزمایشگاه مبانی گیاهشناسی، آزمایشگاه ریخت شناسی گیاهی، آزمایشگاه بافت‌شناسی گیاهی، آزمایشگاه سیستماتیک گیاهی 1، آزمایشگاه سیستماتیک گیاهی 2، آزمایشگاه فیزیولوژی گیاهی 1، آزمایشگاه فیزیولوژی گیاهی 2، آزمایشگاه مبانی فیزیولوژی گیاهی، آزمایشگاه جلبک شناسی، آزمایشگاه گیاهان دارویی و معطر، آزمایشگاه زیست شناسی تکوینی گیاهی 1 و آزمایشگاه زیست شناسی تکوینی گیاهی 2، با گروه‌های مختلف گیاهی و همین‌طور جلبک‌ها از جنبه‌های مختلف شامل جنبه‌های مورفولوژیکی، سیستماتیک و رده‌بندی، فیزیولوژی، نمو و تکوین آشنایی عملی پیدا کرده و علاوه بر این با کاربردهای دارویی و قوم گیاهشناسی گیاهان نیز آشنا می‌شوند. هم‌چنین آشنایی عملی با نمونه‌های جلبکی از شاخه‌های مخنلف نیز در این آزمایشگاه انجام می‌پذیرد.

در آزمایشگاه علوم گیاهی تعداد 6 دستگاه میکروسکوپ نوری، 4 دستگاه استرئومیکروسکوپ، دستگاه اسپکتروفتومتری، بن‌ماری، کوره، انکوباتور، ترازوی دیجیتالی 3 صفر، دستگاه آب‌مقطرگیری، سانتریفیوژ، هات پلیت، پی اچ متر، یخچال فریزر و قفسه‌های کشت گیاهان موجود است. علاوه بر این دستگاه‌ها، انواع شیشه‌آلات، لام‌های گیاهی، جلبکی و قارچی و مجموعه نمونه‌های هرباریومی وجود دارد.