این آزمایشگاه در طبقه اول ساختمان فیزیک قرار داشته و دارای یک کامپیوتر محاسباتی مجهز به بسته نرم‌افزاری گرومکس با قابلیت انجام محاسبات دینامیک مولکولی بر روی درشت‌مولکول‌های زیستی و مخصوصا پروتئین‌ها است.

دانشجویان کارشناسی ارشد که در حوزه محاسبات دینامیک مولکولی، داکینگ مولکولی و طراحی دارو فعالیت می‌کنند، در این آزمایشگاه مشغول انجام فعالیت‌های علمی هستند. علاوه بر امور محاسباتی، در این آزمایشگاه مدل‌سازی داده‌های آزمایشگاهی و انجام مطالعات بیوانفورماتیک در تکمیل داده‌های آزمایشگاهی نیز انجام می‌گیرد. از دیگر فعالیت‌های جاری در این آزمایشگاه، طراحی جهش‌ از دیدگاه‌های کاربردی جهت بهبود ساختار و عملکرد پروتئین‌ها در شرایط صنعتی است. با توجه به وجود تخصص‌ مکمل در بخش آزمایشگاهی، پروتئین‌های جهش‌یافته، به صورت نوترکیب در سیستم بیان باکتریایی تولید و مشخصه‌بندی می‌شوند.   

در حال حاضر، یک کامپیوتر محاسباتی با سطح سخت‌افزاری متوسط در این آزمایشگاه مستقر بوده و امید می‌رود که در آینده از طریق ارتقای سطح محاسباتی با تهیه کامپیوتر جدید، امکان ارائه خدمات جهت درآمدزایی نیز فراهم شود.  

دکتر خسرو خلیفه، دکتر عمران حشمتی